同时把总部搬迁至位于东涌，新机场侧的国泰城，计划斥资6.25亿美元。

1998年：第一个从香港直飞纽约的航班——polarone，庆祝世界上最长的航班。

2001年9月，美国发生911事件，曾对国泰造成影响。同年：第一个推出网上预办登机服务。

2003年初，国泰曾经因香港及邻近地区爆发的非典型肺炎疫潮所影响，乘客锐减，曾有超过一半航班需要取消，幸好在sars疫情受控后不久便全面恢复。

2003年、2005年、2009年，国泰航空皆获得skytrax评估的全球最佳航空公司，旗下的子公司包括港龙航空及华民航空。

2006年6月9日，国泰航空发表声明，指有关在收购港龙航空一事上已与其它相关公司达成协议。国泰航空将以82亿2千万港元及发行新股，向港龙航空其它股东全面收购港龙。另动用40亿7千万，增持中国国际航空股权，由10%增至20%。另国航则以53亿9千万，购入国泰10.16%的股权，使国航与国泰形成互控关系及需要遵守以下四点：一、除非获太古事先书面同意，中资股东不得持有国泰四成股权或多于太古持股量。二、除非获各股东事先书面同意，中信泰富及中国航空股权不得多于29.99%。三、国泰股东同意，各股东若持有15%股权或以上，该股东将不会向国泰提收购，或受同第三方的收购，除非由国泰董事局建议。四、维持五名常务董事由太古提名，非常务董事由三名增加至四名。交易完成后，太古、中信泰富、中国航空、中航兴业的各持股量为40%、17.5%、10.16%、7.34%。

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